Direktorat di UNUGIRI merupakan unit dibawah koordinasi Wakil Rektor yang terdiri dari Wakil Rektor Bidang Akademik, Kemahasiswaan, Keagamaan (AKK), Wakil Rektor Bidang Kelembagaan, Alumni, Sumber Daya Manusia (KAS), Wakil Rektor Bidang Umum, Keuangan Teknologi (UKT) dan Wakil Rektor Bidang Kerjasama, Riset dan Inovasi (KRI). Dimana masing-masing Direktorat mempunyai perananan penting dalam mewujudkan pelayanan penting pada UNUGIRI menuju World Class University dengan memegang teguh prinsip Ahlussunah Wal Jamaah.